Не знаю точно, у меня когда-то наблюдалось пропадание удаленных объектов (городов, замков и т.п.), т.е. тени от них были, а объектов не было

Удаленные объекты пропадали во всех сейвах, и ранних и поздних.
Полагаю, проблема была в плагине Almost Everything VWD, т.к. удаление его папки DistantLOD приводило к тому, что оригинальные удаленные объекты начинали нормально отображаться. Чего только не делала, включая установку трех разных модов VWD и полную переустановку Обливиона, а помог, как ни странно, случайный фастревел (обычно я не использую быстрое перемещение), или это было совпадением...
Может, тебе стоит воспользоваться этой утилиткой -
ArchiveInvalidation Invalidated.